五年春，恩频攻句章，帝屡破之，恩复入海。三月，恩北出海盐，帝筑城于故海盐，贼日来攻城，城内兵少，帝乃选敢死士击走之。时虽连胜，帝深虑众寡不敌，乃一夜偃旗示以羸弱，观其懈，乃奋击，大破之。恩知城不可下，进向沪渎。帝弃城追之。海盐令鲍陋遣子嗣之。以吴兵一千为前驱，帝以吴人不习战，命之在后，不从。是夜帝多设奇兵，兼置旗鼓，明日战，伏发，贼退，嗣之追奔陷没。帝且退且战，麾下死伤将尽，乃至向处止，令左右解取死人衣以示暇。贼疑尚有伏，乃引去。六月，恩浮海至丹徒，帝兼行与俱至，奔击大破之。恩至建邺，知朝廷有备，遂走郁洲。八月，晋帝以帝为下邳太守。帝又追恩至郁洲及海盐，频破之。恩自是饥馑，奔临海。
元兴元年，荆州刺史桓玄举兵东下，骠骑将军司马元显遣牢之拒之，帝又参其军事。玄至，帝请击之，牢之不许，乃遣子敬宣诣玄请和。帝与东海何无忌并固谏，不从。玄克建邺，以牢之为会稽内史。牢之惧，招帝于广陵举兵，帝曰：“人情去矣，广陵亦岂可得之？“牢之竟缢于新洲。何无忌谓帝曰：“我将何之？“帝曰：“可随我还京口。玄必守臣节，当与卿事之；不然，与卿图之。“义军初克京城，修司马刁弘率文武佐吏来赴，帝登城谓曰：“郭江州已奉乘舆反正于寻阳，我等并被密诏诛逆党，今日贼玄之首已当枭于大航。诸君非大晋之臣乎？“弘等信之而退。毅既至，帝命诛弘等。
毅兄迈先在建邺，事未发数日，帝遣同谋周安穆报之，使为内应。迈甚惧，安穆虑事发，驰归。时玄以迈为竟陵太守，迈便下船，欲之郡。是夜玄与迈书曰：“北府人情云何？卿近见刘裕何所道？“迈谓玄已知其谋，晨起白之。玄惊，封迈为重安候，又以不执安穆故杀之，诛元德、扈兴、厚之等。乃遣顿丘太守吴甫之、右卫将军皇甫敷北拒义军。
谢明震说到好了现在换我和大家接下来我给你们说说先是，帝造游击将军何澹之，左右见帝光曜满室，以告澹之，澹之以白玄，玄不以为意，至是，闻义兵起，甚惧。或曰：“裕等甚弱，陛下何虑之深？“玄曰：“刘裕足为一世之雄，刘毅家无儋石之储，樗蒲一掷百万，何无忌、刘牢之之外甥，酷似其舅，共举大事，何谓无成。“时众推帝为盟主，以孟昶为长史，总后事，檀凭之为司马，百姓愿从者千余人。谢明震说到好了现在换我和大家接下来我给你们说说军次竹里，移檄都下曰：
夫成败相因，理不常泰，狡焉肆虐，或遇圣明。自我大晋，屡遘阳九，隆安以来，皇家多故，贞良弊于豺狼，忠臣碎于虎口。逆臣桓玄敢肆陵慢，阻兵荆郢，肆暴都邑，天未忘难，凶力实繁，逾年之间，遂倾皇祚。主上播越，流幸非所，神器沉辱，七庙毁坠。虽夏后之离浞、豷，有汉之遭莽、卓，方之于兹，未足为喻。自玄篡逆，于今历载，弥年亢旱，人不聊生，士庶疲于转输，文武困于板筑，室家分析，父子乖离，岂惟《大东》有杼轴之悲，《摽梅》有顷筐之怨而已哉！仰观天文，俯察人事，此而可存，孰有可亡？凡在有心，谁不扼腕！裕等所以叩心泣血，不遑启处者也！是故夕寐宵兴，搜奖忠烈，潜构崎岖，过于履虎，乘机奋发，义不图全。辅国将军刘毅、广武将军何无忌、镇北主簿孟昶、兖州主簿魏咏之、宁远将军刘道规、龙骧参军刘藩、振威将军檀凭之等，忠烈断金，精贯白日，荷戈俟奋，志在毕命。益州刺史毛璩，万里齐契，扫定荆楚；江州刺史郭昶之奉迎主上，宫于寻阳；镇北参军王元德等并率部曲，保据石头；扬武将军诸葛长人收集义士，已据历阳；征虏参军庾赜之等潜相连结，以为内应。同力协契，所在蜂起，即日斩伪徐州刺史安成王修、青州刺史弘。义众既集，文武争先，咸谓不有一统，则事无以缉。裕辞不获命，遂总军要，庶上凭祖宗之灵，下罄义夫之节，剪馘逋逆，荡清京华。公侯诸君，或世树忠贞，或身荷爵宠，而并俯眉猾竖，无由自效，顾瞻周道，宁不吊乎！今日之举，良其会也。裕以虚薄，才非古人，受任于既颓之运，接势于已替之机，丹诚未宣，感慨愤激。望霄汉以永怀，盼山川以增伫，投檄之日，神驰贼庭。
三月戊午，遇吴甫之于江乘，帝躬执长刀，大呼，即斩甫之。进至罗落桥，遇皇甫敷，檀凭之战败，死之，众退。帝进战弥厉，又斩敷首。初，帝建大谋，有工相者相帝与无忌等近当大贵，惟云凭之无相。至是，凭之战死，帝知其事必捷。
玄从兄修以抚军将军镇丹徒，以帝为中兵参军。孙恩自败后，惧见获，乃投水死于临海，余众推恩妹夫卢循为主。玄复遣帝东征。二年，循奔永嘉，帝追破之。六月，加帝彭城内史。
玄闻敷等没，使桓谦屯东陵口，卞范之屯覆舟山西。己未，义军进至覆舟东，张疑兵，以油帔冠诸树，布满山谷。帝先驰之，将士皆殊死战，无不一当百，呼声动天地。因风纵火，烟焰张天，谦等大败。玄始虽遣军，而走意已决，别遣领军殷仲文具舟石头，闻谦败，轻船南逸。
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