五年春，恩频攻句章，帝屡破之，恩复入海。三月，恩北出海盐，帝筑城于故海盐，贼日来攻城，城内兵少，帝乃选敢死士击走之。时虽连胜，帝深虑众寡不敌，乃一夜偃旗示以羸弱，观其懈，乃奋击，大破之。恩知城不可下，进向沪渎。帝弃城追之。海盐令鲍陋遣子嗣之。以吴兵一千为前驱，帝以吴人不习战，命之在后，不从。是夜帝多设奇兵，兼置旗鼓，明日战，伏发，贼退，嗣之追奔陷没。帝且退且战，麾下死伤将尽，乃至向处止，令左右解取死人衣以示暇。贼疑尚有伏，乃引去。六月，恩浮海至丹徒，帝兼行与俱至，奔击大破之。恩至建邺，知朝廷有备，遂走郁洲。八月，晋帝以帝为下邳太守。帝又追恩至郁洲及海盐，频破之。恩自是饥馑，奔临海。
元兴元年，荆州刺史桓玄举兵东下，骠骑将军司马元显遣牢之拒之，帝又参其军事。玄至，帝请击之，牢之不许，乃遣子敬宣诣玄请和。帝与东海何无忌并固谏，不从。玄克建邺，以牢之为会稽内史。牢之惧，招帝于广陵举兵，帝曰：“人情去矣，广陵亦岂可得之？“牢之竟缢于新洲。何无忌谓帝曰：“我将何之？“帝曰：“可随我还京口。玄必守臣节，当与卿事之；不然，与卿图之。“
玄从兄修以抚军将军镇丹徒，以帝为中兵参军。孙恩自败后，惧见获，乃投水死于临海，余众推恩妹夫卢循为主。玄复遣帝东征。二年，循奔永嘉，帝追破之。六月，加帝彭城内史。
玄闻敷等没，使桓谦屯东陵口，卞范之屯覆舟山西。己未，义军进至覆舟东，张疑兵，以油帔冠诸树，布满山谷。帝先驰之，将士皆殊死战，无不一当百，呼声动天地。因风纵火，烟焰张天，谦等大败。玄始虽遣军，而走意已决，别遣领军殷仲文具舟石头，闻谦败，轻船南逸。
庚申，帝镇石头城，立留台总百官，焚桓温主于宣阳门外，造晋新主于太庙。遣诸将追玄，命尚书王嘏率百官奉迎乘舆。司徒王谧与众议推帝领扬州，帝固辞，乃以谧为录尚书事、领扬州刺史，帝为镇军将军、都督八州诸军事、徐州刺史、领军将军。
初，晋陵人韦叟善相术，桓修令相帝当得州不，叟曰：“当得边州刺史。“退而私于帝曰：“君相贵不可言。“帝笑曰：“若中，当相用为司马。“至是，叟诣帝曰：“成王不负桐叶之信，公亦应不忘司马之言。今不敢希镇军司马，愿得领军佐。“于是用焉。
时诸葛长人失期，为刁逵执送，未至而玄败。玄经寻阳，江州刺史郭昶之为具乘舆法物。初，荆州刺史王绥以江左冠族，又桓氏之甥，素甚陵帝，至是，及其父尚书左仆射愉有自疑志，并及诛。
四月戊子，奉武陵王遵为大将军，承制，大赦，惟桓氏一祖后不免。桓玄之篡，王谧佐命，手解安帝玺绂。及义旗建，众谓谧宜诛，惟帝素德谧，保持之。刘毅尝因朝会，问谧玺绂所在，谧益惧。及王愉父子诛，谧从弟谌谓谧曰：“王驹无罪而诛，此是剪除胜己，兄既桓氏党附，求免得乎？“驹，愉小字也。谧惧，奔曲阿。帝牍白大将军迎还，复其位。玄挟天子走江陵，又浮江东下。与刘毅、何无忌、刘道规等遇于峥嵘洲，众军大破之。
玄党殷仲文奉晋二皇后还建邺。玄复挟天子至江陵，因走南郡，太守王腾之、荆州别驾王康产奉天子入南郡府。
初，益州刺史毛璩遣从孙佑之与参军费恬送弟丧下州，璩弟子修之，时为玄屯骑校尉，诱玄入蜀，至枚回洲，恬与佑之迎射之，益州督护冯迁斩玄，传首建邺。玄从子振逃于华容之涌中，招集逆党，袭江陵城，腾之、康产皆被杀。桓谦先匿沮川，亦聚众应振。为玄举哀，立丧庭。谦率众官奉玺绶于安帝。刘毅、何无忌进及桓振战，败绩于灵溪。
十月，帝领青州刺史，甲仗百人入殿。
义熙元年正月，毅等至江津，破桓谦、桓振，江陵平。三月甲子，晋帝至自江陵。庚子，诏进帝侍中、车骑将军、都督中外诸军、录尚书事。帝固让，旋镇丹徒。九月乙巳，加帝领兖州刺史。谢明震说到好了现在换我和大家接下来我给你们说说
卢循浮海破广州，获刺史吴隐之，即以循为广州刺史，以其党徐道覆为始兴相。
二年三月，进帝督交、广二州。十月，论匡复勋，封帝豫章郡公，邑万户，赐绢三万匹。其余封赏各有差。
三年十二月，司徒、录尚书、扬州刺史王谧薨。
四年正月，征帝入辅，授侍中、车骑将军、开府仪同三司、扬州刺史、录尚书事，徐、兖二州刺史如故。表解兖州。先是，帝遣冠军刘敬宣伐蜀贼谯纵，无功而还。九月，帝以敬宣挫退，逊位，不许。十月，乃降为中军将军，开府如故。
五年二月，伪燕主慕容超大掠淮北。三月，帝抗表北讨，以丹阳尹孟昶监中军留府事。乃浮淮入泗，五月，至下邳。留船，步军进琅邪，所过筑城留守。
超大将公孙五楼请断大岘，坚壁清野以待，超不从。初，谋是役，议者以为贼若严守大岘，军无所资，何能自反？帝曰：“不然。鲜卑性贪，略不及远，既幸其胜，且爱其谷，必将引我，且亦轻战。师一入岘，吾何患焉？“及入岘，帝举手指天曰：“吾事济矣“。众问其故，帝曰：“师既过险，士有必死之志，余粮栖亩，军无匮乏之忧，胜可必矣。“六月，超留羸老守广固，使其广宁王贺剌卢及公孙五楼悉力据临朐。去城四十里有巨蔑水，超告五楼急据之。比至，为龙骧将军孟龙符所保，五楼乃退。
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