七年正月己未，振旅而归，改授大将军、扬州牧，给班剑二十人，本官并如故。固辞。凡南北征伐战亡者，并列上赙赠，尸丧未反者，遣主帅迎接，致还本土。二月，卢循至番禺，为孙处所破，收余众南走。刘藩、孟怀玉斩徐道覆于始兴。
自晋中兴以来，朝纲弛紊，权门兼并，百姓流离，不得保其产业。桓玄颇欲厘改，竟不能行。帝既作辅，大示轨则，豪强肃然，远近禁止。至是，会稽余姚唐亮复藏匿亡命千余人。帝诛亮，免会稽内史司马休之。
晋帝又申前诏，帝固辞。于是改授太尉、中书监，乃受命，奉送黄钺。交州刺史杜惠度斩卢循父子，函七首送都。
先是，诸州郡所遣秀才、孝廉多非其人，帝乃表申明旧例，策试之。
荆州刺史刘道规疾患，求归，八年四月，改授豫州刺史，以豫州刺史刘毅代之。毅既有雄才大志，与帝俱兴复晋室，自谓京城、广陵功足相抗，虽权事推帝，而心不服也。厚自矜许，朝士素望者并多归之，与尚书仆射谢混、丹阳尹郗僧施并深相结。及镇江陵，豫州旧府多割以自随，请僧施为南蛮校尉。帝知毅终为异端，心密图之。毅至西，称疾笃，表求从弟兖州刺史藩以为副贰，帝伪许焉。九月，藩入朝，帝命收藩及谢混，并赐死。自表讨毅，又假黄钺，率诸军西征。以前镇军将军司马休之为平西将军、荆州刺史，兖州刺史道怜镇丹徒，豫州刺史诸葛长人监太尉留府事，加太尉司马丹阳尹刘穆之建威将军，配以实力。壬午，发建邺，遣参军王镇恶、龙骧将军蒯恩前袭江陵，克之，毅及党与皆伏诛。
十一月，帝至江陵，分荆州十郡为湘州，帝仍进督焉。以西陵太守朱龄石为益州刺史，使伐蜀。晋帝进帝太傅、扬州牧，加羽葆、鼓吹，班剑二十人。
九年二月乙丑，帝至自江陵。初，诸葛长人贪淫骄横，帝每优容之。刘毅既诛，长人谓所亲曰：“昔年醢彭越，今年杀韩信，祸其至矣。“将谋作乱。帝克期至都，而每淹留不进。公卿以下，频日奉候于新亭，长人亦骤出。既而帝轻舟密至，已还东府矣。长人到门，引前，却人闲语，凡平生言所不尽者，皆与及之，长人甚悦。帝已密命左右丁旿自幔后出，于坐拉焉，死于床侧。舆尸付廷尉，并诛其弟黎人。旿骁勇有力，时人语曰：“勿跋扈，付丁旿。“先是，山湖川泽皆为豪强所夺，百姓薪采渔钓，皆责税直，至是禁断之。时人居未一，帝上表定制，于是依界土断，惟徐、兖、青三州居晋陵者不在断例。诸流寓郡县，多所并省。以帝领镇西将军、豫州刺史。帝固让太傅、扬州牧及班剑，奉还黄钺。
七月，朱龄石平蜀，斩谯纵，传首建邺。
九月，晋帝以帝平齐、定卢循功，封帝次子义真为桂阳县公；并重申前命，授帝太傅、扬州牧，加羽葆、鼓吹，班剑二十人。将吏百僚敦劝，乃受羽葆、鼓吹、班剑，余固辞。
十年，息人简役，筑东府城，起府舍。帝以荆州刺史司马休之宗室之重，又得江、汉人心，疑其有异志；而休之子谯王文思在都，招聚轻侠，帝执送休之，令自为其所。休之表废文思，并与帝书陈谢。
十一年正月，帝收休之子文宝、兄子文祖，并赐死，率众西讨。复加黄钺，领荆州刺史。以中军将军道怜监留府事。休之上表自陈。并罪状帝。休之府录事参军韩延之有干用才，帝未至江陵，密书招之。延之报书曰：“承亲率戎马，远履西偏，阖境士庶，莫不惶骇。辱疏，知以谯王前事，良增叹息。司马平西体国忠贞，款怀待物，以公有匡复之勋，家国蒙赖，推德委诚，每事询仰。谯王往以微事见劾，犹自表逊位；况以大过而当默邪！来示云’处怀期物，自有由来。’今伐人之君，啖人以利，真可谓’处怀期物’者矣。刘藩死于阊阖之门，诸葛毙于左右之手，甘言诧方伯，袭之以轻兵，遂使席上靡款怀之士，阃外无自信诸侯，以为得算，良所耻也。吾虽鄙劣，尝闻道于君子，以平西之至德，宁可无授命之臣乎？假天长丧乱，九流浑浊，当与臧洪游于地下。不复多云。“帝视书叹息，以示将佐曰：“事人当如此。“三月，军次江陵。初，雍州刺史鲁宗之负力好乱，且虑不为帝容，常为谶曰：“鱼登日，辅帝室。“与休之相结。至是，率其子竟陵太守轨会于江陵。帝济江，休之众溃，与轨等奔襄阳，江陵平。加领南蛮校尉。将拜南蛮，遇四废日，佐史郑鲜之等白迁日，不许。下书开宽大之恩。
四月，进军襄阳，休之等奔姚兴。晋帝复申前令，授太傅、扬州牧，剑履上殿，入朝不趋，赞拜不名，加前部羽葆、鼓吹，置左右长史、司马，从事中郎四人，封第三子义隆为北彭城县公。八月甲子，帝至自江陵，奉还黄钺，固辞太傅、州牧、前部羽葆、鼓吹，其余受命。
十二年正月，晋帝诏帝依旧辟士，加领平北将军、兖州刺史，增督南秦，凡二十二州。帝以平北文武寡少，不宜别置，于是罢平北府，以并太府。三月，加帝中外大都督。
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