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万历三年，设广东南澳总兵官，以其据漳、泉要害也。久之，倭寇朝鲜，朝廷大发兵往援，先后六年。于是设巡抚官于天津，防畿甸。后十余年，从南直巡按御史颜思忠言，分淮安大营兵六百守廖角嘴。从福建巡抚丁继嗣言，设兵自浙入闽之三江及刘澳，而易海澄团练营土著军以浙兵。
天启中，筑城于澎湖，设游击一，把总二，统兵三千，筑炮台以守。先是，万历中，许孚远抚闽，奏筑福州海坛山，因及澎湖诸屿，且言浙东沿海陈钱、金塘、玉环、南麂诸山俱宜经理，遂设南麂副总兵，而澎湖不暇及。其地遥峙海中，逶迤如修蛇，多岐港零屿，其中空间可藏巨艘。初为红毛所据，至是因巡抚南居益言，乃夺而守之。
自世宗世倭患以来，沿海大都会，各设总督、巡抚、兵备副使及总兵官、参将、游击等员，而诸所防御，于广东则分东、中、西三路，设三参将；于福建则有五水寨；于浙则有六总，一金乡、盘石二卫，一松门、海门二卫，一昌国卫及钱仓、爵溪等所，一定海卫及霩戺、大嵩等所，一观海、临山二卫，一海宁卫，分统以四参将；于南直隶则乍浦以东，金山卫设参将，黄浦以北，吴淞江口设总兵；于淮、扬则总兵驻通州，游击驻庙湾，又于扬州设陆兵游击，待调遣；于山东则登、莱、青三府设巡察海道之副使，管理民兵之参将，总督沿海兵马备倭之都指挥，于蓟、辽则大沽海口宿重兵，领以副总兵，而以密云、永平两游击为应援。山海关外，则广宁中、前等五所兵守各汛，以宁前参将为应援，而金、复、海、盖诸军皆任防海。三岔以东，九联城外创镇江城，设游击，统兵千七百，哨海上，北与宽奠参将陆营相接，共计凡七镇，而守备、把总、分守、巡徼会哨者不下数百员。以三、四、五月为大汛，九、十月为小汛。盖遭倭甚毒，故设防亦最密云。
日本地与闽相值，而浙之招宝关其贡道在焉，故浙、闽为最冲。南寇则广东，北寇则由江犯留都、淮、扬，故防海外，防江为重。洪武初，于都城南新江口置水兵八千。已，稍置万二千，造舟四百艘。又设陆兵于北岸浦子口，相掎角。所辖沿江诸郡。上自九江、广济、黄梅，下抵苏、松、通、泰，中包安庆、池、和、太平，凡盗贼及贩私盐者，悉令巡捕，兼以防倭。永乐时，特命勋臣为帅视江操，其后兼用都御史。成化四年，从锦衣卫佥事冯瑶言，令江兵依地设防，于瓜、仪、太平置将领镇守。后六年，守备定西侯蒋琬奏调建阳、镇江诸卫军补江兵缺伍。十三年，命择武大臣一人职江操，毋摄营务。又五年，从南京都御史白昂言，敕沿江守备官互相应援，并给关防。著为令。弘治中，命新江口两班军如京营例，首班歇，即以次班操。嘉靖八年，江阴贼侯仲金等作乱，给事中夏言请设镇守江、淮总兵官。已而寇平，总兵罢不设。十九年，沙贼黄艮等复起。帝诘兵部以罢总兵之故，乃复设，给旗牌符敕，提督沿江上下。后复裁罢。三十二年，倭患炽，复设副总兵于金山卫，辖沿海至镇江，与狼山副总兵水陆相应。时江北俱被倭，于是量调九江、安庆官军守京口、圌山等地。久之，给事中范宗吴言：“故事，操江都御史防江，应、凤二巡抚防海。后因倭警，遂以镇江而下，通常、狼、福诸处隶之操江，以故二抚臣得诿其责。操江又以向非本属兵，难遥制，亦漠然视之，非委任责成意。宜以圌山、三江会口为操、抚分界。”报可。其后增上下两江巡视御史，得举劾有司将领，而以南京佥都御史兼理操江，不另设。
先是，增募水兵六千。隆庆初，以都御史吴时来请，留四之一，余悉罢遣，并裁中军把总等官。已，复令分汛设守，而责以上下南北互相策应。又从都御史宋仪望言，诸军皆分驻江上，不得居城市。万历二十年，以倭警，言者请复设京口总兵。南京兵部尚书衷贞吉等谓既有吴淞总兵，不宜两设。乃设兵备使者，每春汛，调备倭都督，统卫所水、陆军赴镇江。后七年，操江耿定力奏：“长江千余里，上江列营五，兵备臣三；下江列营五，兵备臣二。宜委以简阅训练，即以精否为兵备殿最。”部议以为然。故事，南北总哨官五日一会哨于适中地，将领官亦月两至江上会哨。其后多不行。崇祯中，复以勋臣任操江，偷惰成习，会哨巡徼皆虚名，非有实矣。
卫所之外，郡县有民壮，边郡有土兵。
太祖定江东，循元制，立管领民兵万户府。后从山西行都司言，听边民自备军械，团结防边。闽、浙苦倭，指挥方谦请籍民丁多者为军。寻以为患乡里，诏闽、浙互徙。时已用民兵，然非召募也。正统二年，始募所在军余、民壮愿自效者，陕西得四千二百人。人给布二匹，月粮四斗。景泰初，遣使分募直隶、山东、山西、河南民壮，拨山西义勇守大同，而紫荆、倒马二关，亦用民兵防守，事平免归。
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