太庙署，秩从六品，掌宗庙行礼，兼廪牺署事。至元三年始置。令二员，从六品；丞一员，从七品。
郊祀署，秩从六品。大德九年始置。掌郊祀行礼，兼廪牺署事。令二员，从六品；丞二员，从七品。
社稷署，秩从六品。大德元年始置。令二员，从六品；丞一员，从七品。
大乐署，秩从六品。中统五年始置。令二员，从六品；丞一员，从七品。掌管礼生乐工四百七十九户。
典瑞院，秩正二品。掌宝玺、金银符牌。中统元年，始置符宝郎二员。至元十六年，立符宝局，给六品印。十七年，升正五品。十八年，改典瑞监，秩正三品。二十年，降为正四品，省卿二员。二十九年，复正三品，仍置监卿二员。大德十一年，升典瑞院，正二品。置院使四员，正二品；同知二员，正三品；佥院二员，从三品；同佥二员，正四品；院判二员，正五品；经历二员，从五品；都事二员，从七品；照磨兼管勾承发架阁库一员，正八品；令史四人，译史四人，知印、通事各一人，宣使四人，典吏三人。
太史院，秩正二品，掌天文历数之事。至元十五年，始立院，置太史令等官一员。至大元年，升从二品，设官十员。延祐三年，升正二品，设官十五员。后定置院使五员，正二品；同知二员，正三品；佥院二员，从三品；同佥二员，正四品；院判二员，正五品；经历一员，从五品；都事一员，从七品；管勾一员，从九品；令史三人，译史一人，知印二人，通事一人，宣使二人，典吏二人。
春官正兼夏官正一员，正五品。
秋官正兼冬官正中官正一员，正五品。
保章正五员，正七品。
保章副五员，正八品。
掌历二员，正八品。
腹里印历管勾一员，从九品。
各省司历十二员，正九品。
印历管勾二员，从九品。
灵台郎一员，正七品。
监候六员，从八品。
副监候六员，正九品。
星历生四十四员。
挈壶正一员，从八品。
司辰郎二员，正九品。
灯漏直长一人。
教授一员，从八品。
学正一员，从九品。
校书郎二员，正八品。
太医院，秩正二品，掌医事，制奉御药物，领各属医职。中统元年，置宣差，提点太医院事，给银印。至元二十年，改为尚医监，秩正四品。二十二年，复为太医院，给银印，置提点四员，院使、副使、判官各二员。大德五年，升正二品，设官十六员。十一年，增院使二员。皇庆元年，增院使二员。二年，增院使一员。至治二年，定置院使一十二员，正二品；同知二员，正三品；佥院二员，从三品；同佥二员，正四品；院判二员，正五品；经历二员，从七品；都事二员，从七品；照磨兼承发架阁库一员，正八品；令史八人，译史二人，知印二人，通事二人，宣使七人。
广惠司，秩正三品，掌修制御用回回药物及和剂，以疗诸宿卫士及在京孤寒者。至元七年，始置提举二员。十七年，增置提举一员。延祐六年，升正三品。七年，仍正五品。至治二年，复为正三品，置卿四员，少卿、丞各二员。后定置司卿四员，少卿二员，司丞二员，经历、知事、照磨各一员。
大都、上都回回药物院二，秩从五品，掌回回药事。至元二十九年始置。至治二年，拨隶广惠司，定置达鲁花赤一员、大使二员、副使一员。
御药院，秩从五品，掌受各路乡贡、诸蕃进献珍贵药品，修造汤煎。至元六年始置。达鲁花赤一员，从五品；大使二员，从五品；副使三员，正七品；直长一员，都监二员。
御药局，秩从五品，掌两都行箧药饵。至元十年始置。大德九年，分立行御药局，掌行箧药物。本局但掌上都药仓之事。定置达鲁花赤一员，从五品；局使二员，从五品；副使二员，正七品。
行御药局，秩从五品。达鲁花赤一员，大使二员，副使三员，品秩同上。掌行箧药饵。大德九年始置。
御香局，秩从五品，提点一员，司令一员，掌修合御用诸香。至大元年始置。
大都惠民局，秩从五品，掌收官钱，经营出息，市药修剂，以惠贫民。中统二年始置，受太医院劄。至元十四年，定从六品秩。二十一年，升从五品。
上都惠民司，提点一员，司令一员。中统四年始置，品秩并同上。
医学提举司，秩从五品。至元九年始置。十三年罢，十四年复置。掌考校诸路医生课义，试验太医教官，校勘名医撰述文字，辨验药材，训诲太医子弟，领各处医学。提举一员，副提举一员。
官医提举司，秩从五品，掌医户差役、词讼。至元二十五年置。
大都、保定、彰德、东平四路，设提举、同提举、副提举各一员。
河间、大名、晋宁、大同、济宁、广平、冀宁、济南、辽阳、兴和十路，设提举、副提举各一员。
卫辉、怀庆、大宁，设提举一员。
奎章阁学士院，秩正二品。天历二年，立于兴圣殿西，命儒臣进经史之书，考帝王之治。大学士二员，正三品。寻升为学士院。大学士，正二品；侍书学士，从二品；承制学士，正三品；供奉学士，正四品；参书，从五品。多以它官兼领其职。至顺元年，增大学士二员，共四员。侍书学士二员，承制学士二员，供奉学士二员。首领官：参书二员，典签二员，照磨一员，内掾四人，译文内掾二人，知印二人，怯里马赤一人，宣使四人，典书五人。属官：授经郎二员。
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