寻由左侍郎擢南京右都御史。二十一年与吏部尚书温纯共典京察，所黜咸当。未几，遂代纯位。其秋，鑨谢事，召拜吏部尚书。止宿公署中，见宾则于待漏所。引用僚属，极一时选。明年，王锡爵将谢政，廷推阁臣，诏无拘资品。有年适在告，侍郎赵参鲁、盛讷、文选郎顾宪成往咨之，列故大学士王家屏、故礼部尚书沈鲤、故吏部尚书孙鑨、礼部尚书沈一贯、左都御史孙丕扬、吏部侍郎邓以赞、少詹事冯琦七人名上。盖鑨丕扬非翰林，为不拘资，琦四品，为不拘品也。家屏以争国本去位，帝意雅不欲用。又推及吏部尚书、左都御史非故事，严旨责让。谓：“不拘资品乃昔年陆光祖自为内阁地。今推鑨、丕扬，显属徇私。前吏部尝两推阁臣，可具录姓名以上。”于是备列沈鲤、李世达、罗万化、陈于陛、赵用贤、朱赓、于慎行、石星、曾同亨、邓以竖等。而世达故左都御史也，帝复不悦。谓：“诏旨不许推都御史，何复及世达。家屏旧辅臣，不当擅议起用。”乃用命于陛、一贯入阁，而谪宪成及员外郎黄缙、王同休，主事章嘉祯、黄中色为杂职。锡爵首疏救，有年及参鲁等疏继之，帝并不纳。赵志皋张位亦佯为言。而二人者故不由廷推，因谓：“辅臣当出特简，廷推由陆光祖交通言路为之，不可为法。”帝喜。隆旨再谯责，遂免缙等贬谪，但停俸一年。给事中卢明诹疏救宪成。帝怒，贬明诹秩，斥宪成为民。有年抗疏言：“阁臣廷推，其来旧矣。曩杨巍秉铨，臣署文选，廷推阁臣六人，今元辅锡爵即是年所推也。臣邑前有两阁臣，弘治时谢迁，嘉靖时吕本，并由廷推，官止四品，而耿裕、闻渊则以吏部尚书居首。是廷推与推及吏部，皆非自今创也。至不拘资品，自出圣谕，臣敢不仰承。”因固乞骸骨。帝得疏，以其词直，温旨慰答。有年自是累疏称疾乞罢。帝犹慰留，赉食物、羊酒。有年请益力。最后，以身虽退，遗贤不可不录，力请帝起废。帝报闻。有年遂杜门不出。数月中，疏十四上。乃予告，乘传归。归装，书一箧，衣一笥而已。二十六年正月卒，年六十有八。四月诏起南京右都御史，而有年已前卒。赠太子太保，谥恭介。
故事，吏部尚书未有以他官起者。屠滽掌都察院，杨博、严清掌兵部，皆用原衔领之。南京兵部尚书杨成起掌南院，亦领以故衔。有年以右都御史起，盖帝欲用之，而政府阴抑之也。有年风节高天下。两世朊仕，无宅居其妻孥，至以油幙障漏。其归自江西，故庐火，乃僦一楼居妻孥，而身栖僧舍。其刻苦如此。
孙丕扬，字叔孝，富平人。嘉靖三十五年进士。授行人。擢御史。历按畿辅、淮、扬，矫然有风裁。隆庆中，擢大理丞。以尝劾高拱，拱门生给事中程文诬劾丕扬，落职候勘。拱罢，事白，起故官。
万历元年擢右佥都御史，巡抚保守诸府。以严为治，属吏皆惴惴。按行关隘，增置敌楼三百余所，筑边墙万余丈。录功，进右副都御史。中官冯保家在畿内，张居正属为建坊，丕扬拒不应。知二人必怒，五年春引疾归。
其冬大计京官，言路希居正指劾之。诏起官时，调南京用。御史按陕西者，知保等憾不已，密讽西安知府罗织其赃。知府遣吏报御史，吏为虎噬。及再报，则居正已死，事乃解。起应天府尹。召拜大理卿，进户部右侍郎。
十五年，河北大饥。丕扬乡邑及邻县蒲城、同官至采石为食。丕扬伤之，进石数升于帝，因言：“今海内困加派，其穷非止啖石之民也。宜宽赋节用，罢额外徵派有诸不急务，损上益下，以培苍生大命。”帝感其言，颇有所减罢。
寻由左侍郎擢南京右都御史，以病归。召拜刑部尚书。丕扬以狱多滞囚，由公移牵制。议刑部、大理各置籍，凡狱上刑部，次日即详谳大理，大理审允，次日即还刑部，自是囚无淹系。寻奏：“五岁方恤刑，恐冤狱无所诉。请敕天下抚按，方春时和，令监司按行州县，大录系囚，按察使则录会城囚。死罪矜疑及流徒以下可原者，抚按以达于朝，期毋过夏月。轻者立遣，重者仍听部裁，岁以为常。”帝报从之。已，条上省刑省罚各三十二事。帝称善，优诏褒纳。自是刑狱大减。有内坚杀人，逃匿禁中。丕扬奏捕，卒论戍。改左都御史。陈台规三事，请专掌印、重巡方、久巡城，著为令。已，又言：“闾阎民瘼非郡邑莫济，郡邑吏治非抚按监司莫清。抚按监司风化，非部院莫饬。请立约束颁天下，奖廉抑贪，共励官箴。”帝咸优诏报许。
二十二年，拜吏部尚书。丕扬挺劲不挠，百僚无敢以私干者，独患中贵请谒。乃创为掣签法，大选急选，悉听其人自掣，请寄无所容。一时选人盛称无私，然铨政自是一大变矣。二十三年，大计外吏。九江知府沈铁尝为衡州同知，发巡抚秦耀罪，江西提学佥事马犹龙尝为刑部主事，定御史祝大舟赃贿，遂为庇者所恶。考功郎蒋时馨黜之，丕扬不能察。及时馨为赵文炳所劾，丕扬力与辨雪。谓衅由丁此吕，此吕坐逮。丕扬又力诋沈思孝，于是思孝及员外郎岳元声连章讦丕扬。丕扬请去甚力。其冬，帝以军政故，贬两京言官三十余人。丕扬犹在告，偕九卿力谏，弗纳。已而帝恶大学士陈于陛论救，谪诸言官边方。丕扬等复抗疏谏，帝益怒，尽除其名。
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