美良川击败尉迟敬德，秦琼立功最多，李渊赐给秦琼金瓶，并慰劳秦琼说：“你不顾妻儿远道而来投奔我，如今又立下这样的大功，我的肉都可以割下来给你吃，更何况是赏赐一些仆婢和财帛呢。”于是拜秦琼为秦王府右三统军。平灭宋金刚后，又赏赐秦琼黄金百斤、杂彩六千段，加封上柱国。[13]
同年七月，李世民率军进逼洛阳攻打王世充，每以秦琼为先锋。征讨洛阳期间，李世民挑选了一只千余人的精锐骑兵部队，命其身穿黑衣玄甲，分为左右队，由秦琼、程知节、尉迟敬德、翟长孙四人分别统领，每次作战时亲自率领作为前锋使用，所向披靡攻无不克，敌人十分畏惧。[14]
武德四年（621年）三月，夏王窦建德与王世充结盟，率生力军十几万驰援洛阳。李世民留下李元吉等人继续围困洛阳，亲率秦琼等将领分兵前往虎牢关抵御窦建德。五月初，李世民留战马千余匹于黄河北岸放牧，让窦建德以为唐军草料将尽，诱其出击。次日清晨，窦建德全军自板渚出牛口列阵，逼近汜水向唐军挑战。李世民按兵不出，暗中召回战马，待到正午窦军士兵疲惫阵型骚乱才率军东涉汜水冲击敌阵。恰逢窦建德朝会群臣，军中一度慌乱，但稍作退却后很快发起反击。诸军混战中，秦琼、程咬金、史大奈、宇文歆等人随李世民凿穿窦军大阵，来到敌阵后方展开唐军旗帜，令窦军误以为己方已败，军心涣散下大败溃逃。最终窦建德被俘，王世充绝望之下也出城投降。破窦建德之战，秦琼率数十名精锐骑兵率先冲破窦军大阵，战后获封翼国公，又获赏赐黄金百斤、帛七千段。[15]
同年七月，窦建德被斩首，其旧将惧怕唐朝报复，于是拥立刘黑闼为王起兵造反，半年之内收复了窦建德昔日所有领土。十二月，秦琼随李世民前往河北平叛。武德五年（622年）二月，在刘黑闼进军洺水途中，秦琼率军于列人将其击破。[16]最终刘黑闼失败后，秦琼又被赏赐了许多物资。[17]
武德九年（626年），秦琼参与玄武门事变，随李世民诛杀李建成、李元吉，事后被拜为左武卫大将军，食实封七百户。后来秦琼经常生病，每逢病时就对人说：“我戎马一生，历经大小战斗二百余阵，屡受重伤，前前后后流的血能都有几斛多，怎么会不生病呢！”[18][19]
去世
贞观十二年（638年），秦琼病死，被追赠为徐州都督，陪葬昭陵。李世民特意下令在秦琼墓前造石人马，用以彰显秦琼的战功。[20]
贞观十三年（639年），秦琼改封为胡国公。十七年（643年），李世民命阎立本画秦琼等二十四名功臣的画像挂入凌烟阁，以供自己怀念，后人景仰。[21][22]
人物评价
秦琼题跋像
来护儿：此人勇悍，加有志节，必当自取富贵，岂得以卑贱处之？
李世民：司徒赵国公无忌、……故辅国大将军扬州都督褒忠壮公志元、……故徐州都督胡壮公秦叔宝等：或材推栋梁，谋猷经远，纲纪帷帐，经纶霸图；或学综经籍，德范光炜，隐犯同致，忠谠日闻；或竭力义旗，委质藩邸，一心表节，百战标奇；或受庙堂，辟土方面，重氛载朗，王略遐宣。并契阔屯夷。劬劳师旅，赞景业於草昧，翼淳化於隆平。[23]
刘昫[xù]：①敬德夺槊陷阵，鼓勇王师，却赂报恩，竭忠霸主。然而奋拳负气，非自全之道；文皇告诫之言，可为功臣药石。叔宝善用马槊，拔贼垒则以寡敌众，可谓勇矣。知节志平国难，拜隼篽则致命辅君，可谓忠矣。而并晓世充之猜贰，识唐代之霸图，可谓见几君子矣。志玄中镝不言，竟安师旅。公谨投龟定议，志助储君。皆所谓猛将谋臣，知机识变。有唐之盛，斯实赖焉。②太宗经纶，实赖虎臣。胡、鄂诸将，奋不顾身。图形凌烟，配食严禋。光诸简册，为报君亲。[24]
刘餗[sù]：秦武卫勇力绝人。[25]
吕温：①尉迟、秦、程刚毅木讷，气镇三军，力崩大敌，匹马孤剑，为王前驱，此则吴汉之朴忠，贾复之雄勇也。②洛之役，龙战未决（我师与王世充阵於九曲）。秦公应变，临阵电拔。锐气尽来，我盈彼竭。成败反掌，存亡奄忽。虎来风壮，鳌转山没。遂作心膂，爰从讨伐。崩围陷阵，火迸冰裂。翕如鹗耸，纵若鲸突。功成国定，万古壮骨。[26]
黄彭年：颍考叔蝥弧先登，秦琼跃马挺枪，刺骁将于万人中，勇在力也。
轶事典故
冲阵斩将
据新旧唐书记载，秦琼每次随李世民征伐，敌阵中常有炫耀自己兵强马壮的武将，李世民就让秦琼前去，单枪匹马常将敌将斩杀于万众之中。但具体杀过哪些敌将，史书却无详细记载。[27]
门神
民间过年时贴门神的习俗由来已久，即在过年的时候在自家门上贴上秦琼与尉迟恭的画像。据传，唐朝开国年间，泾河龙王为了和一个算卜先生打赌，结果犯了天条，罪该问斩。玉帝任命魏征为监斩官。泾河龙王为求活命，向唐太宗求情。太宗答应了，到了斩龙的那个时辰，便宣召魏征与之对弈。没想到魏征下着下着，打了一个盹儿，就魂灵升天，将龙王斩了。龙王抱怨太宗言而无信，日夜在宫外呼号讨命。太宗告知群臣，大将秦叔宝奏道：愿同尉迟敬德戎装立门外以待。太宗应允。那一夜果然无事。太宗因不忍二将辛苦，遂命巧手丹青，画二将真容，贴于门上。后代人相沿下来，于是，这两员大将便成为千家万户的守门神了。其中执锏者即是秦琼。执鞭者是尉迟敬德。这个典故是小说西游记里的重要情节。[28]
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