逼死坡“明永历帝殉国处”石碑
1646年永历政权获得瞿式耜、张献忠余部李定国、孙可望等势力以及福建郑成功势力的支持下展开反攻。同时各地降清的原明军将领先后反正，如1648年江西金声桓、广东李成栋、广西耿献忠与杨有光率部反正，一时之间南明收服华南各省。[179]然而于同年，清将尚可喜率军再度入侵，先后占领湖南、广东等地。两年后，李定国、孙可望与郑成功发动第二次反攻，其中郑成功一度包围南京[180]，但最后因内部孙可望叛变及反清势力鞭长莫及与之间的貌合神离最终导致节节败退。1661年清军三路攻入云南，永历帝流亡缅甸首都曼德勒，被缅甸王莽达收留。后吴三桂攻入缅甸，[181]莽达之弟莽白乘机发动政变，杀死其兄后于8月12日发动咒水之难，杀尽朱由榔侍从近卫，[182]朱由榔最后被吴三桂所杀，南明亡。[183][178]
李自成余部在湖南抗清失败后，转移到川、鄂山区进行活动，在夔州府以东地区继续抗清，称为夔东十三家军。[184]1662年清军开始攻打，到1664年首领李来亨被杀而亡。
明郑时期
参见：明郑时期、郑成功收复台湾、清收复台湾之战
在台湾抗清的郑成功
郑成功在南京之战失败后退回金厦，于1661年率军攻占荷兰占据的台湾，定都东宁[186]。其子郑经曾参与三藩之乱，率军参与反攻失利。
1683年，康熙帝命施琅进攻明郑。施琅大败刘国轩攻克澎湖，给台湾造成战略威胁，最终郑克塽剃发降清，明朝宁靖王朱术桂携五妃自杀殉国，最后一股抗清势力覆灭。[178][3]
疆域
领土范围
《明史·志第十六》：“计明初封略，东起朝鲜，西据吐蕃，南包安南，北距大碛，东西一万一千七百五十里，南北一万零九百四里。自成祖弃大宁，徙东胜，宣宗迁开平於独石，世宗时复弃哈密、河套，则东起辽海，西至嘉峪，南至琼、崖，北抵云、朔，东西万余里，南北万里。其声教所讫，岁时纳贽，而非命吏置籍，侯尉羁属者，不在此数。呜呼盛矣！“[187]
明朝疆域全图（一）1433年（明宣德八年）
北方
明初在外蒙古边境一带设置四十余个卫所为边防前线，包括东胜卫、斡难河卫、开平卫、大宁卫等皆为明朝边防重地，其走向大致为阴山、大青山、西拉木伦河一线。永乐以后，由于天气转寒，农耕不济，致使边境逐渐南移。明中期，随着蒙古复振，边境再次内迁，并修建长城以防御蒙古，在长城沿线设九边重镇[189]加强防御，长城也成为当时农耕区与游牧区的界线。[190][191]
东北
朱元璋置辽东都司经营辽东，后朱棣招抚女真部落，于永乐九年（1411年）设奴儿干都司，[192]共辖130多个卫所。[79]宣德十年（1435年）明宣宗撤回在奴儿干的流官驻军[193]，不过之后女真仍奉明朝为主，至万历年间卫所增加至384个。晚明，后金崛起后逐渐取代了明朝对东北的统治，并进占辽东。[190]
东北邻国高丽于元明之际大肆扩张领土，通过招谕、剿杀、驱赶女真部落，使本国疆域不断向北推进，1393年朱元璋内迁铁岭卫[194]，默许取代高丽的李氏朝鲜占据鸭绿江以东、图们江以南的地区。[195][191]
明朝疆域全图（二）1582年（明万历十年）
西北
明初于西北先后设有哈密、沙州[197]、安定、阿端、曲先、赤斤蒙古、罕东左等卫，明朝西北疆界涵盖今新疆。[198]
明神宗万历年间的明朝疆域图
成化八年（1472年）哈密卫被吐鲁番攻陷，后于成化十八年（1482年）兴复。[199]弘治年间三失三复[200]，嘉靖七年（1528年）后嘉峪关以西皆为吐鲁番所据[201]。[190]
西南
1370年，吐蕃宣慰使何锁南普等率吐蕃诸部归降[202]，后于青藏地区设乌思藏、朵甘卫指挥使司，采取广行招谕、多封众建、因俗以治的治藏政策。[20][203]在完成藏区的统一后[204]，明太祖要求藏民输马作赋、承担徭役[205][206]，或蒸造乌茶、输纳租米[207]，强调“民之有庸，土之有赋，必不可少”。[208]1407年，明成祖派遣刘昭、何铭等人前往藏区设置驿站[209][210]，1414年，又遣中官杨三宝往藏区招谕各土官恢复驿站[211]，经多年努力终使往来西番的驿道安全畅通。[212]
1382年，明军平定云南全境[213]，除正式府州外另设有三宣六慰[214]，永乐年间増设底兀刺、大古刺、底马撒三个宣慰司[19]，统治范围包括今缅甸、老挝大部及泰国西北部抵达孟加拉湾，中后期这些地区多因鞭长莫及所弃或为周边国家所并。[190]
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