元惠宗妥欢帖木儿
蒙古统治阶级内部却在为争权夺利而互相征战，因此加速了元朝的衰落。至正十年（1350年），元政府下令变更钞法，铸造“至正通宝”钱，并大量发行新“中统元宝交钞”，但导致物价迅速上涨。
次年，元惠宗派贾鲁治黄河，欲归故道，动用民夫十五万，士兵二万。而官吏乘机敲诈勒索，造成不满。白莲教首领韩山童、刘福通等人决定在5月率教众发动起事，但事泄，韩山童被捕杀，于是刘福通带韩山童之子韩林儿杀出重围，指韩山童为宋徽宗八世孙，打出“复宋”旗号，以红巾为标志，其后郭子兴等人也纷纷加入。彭和尚亦在湖北扶助徐寿辉起义。至此揭开了大元灭亡的序幕。蒙古政府则派兵镇压各地红巾军，由丞相脱脱亲自督战攻徐州起义军芝麻李部，一度取得了很大的胜利。[68]
至正十四年（1354年），脱脱率军围攻高邮起义军张士诚部，被朝中弹劾，功亏一篑。
至正十六年（1356年）到至正十九年（1359年），朱元璋继承了病逝的郭子兴的地位，并不断扩充自己的势力，攻占了江南的半壁江山。与此同时，在北方察罕帖木儿（李察罕）和李思齐等元军将领则开始对北方红巾军展开反攻。
至正二十三年（1363年），北方红巾军在安丰之役中败给新兴并降蒙的张士诚，刘福通战死，韩林儿南下投奔朱元璋，随后被杀。[69]
北元衰亡
朱元璋在击败陈友谅、张士诚、方国珍等其它南方起义军和南方大元势力后，于至正二十七年（1367年）开始北伐，在大将徐达、常遇春等的协助下，于至正二十八年（1368年）八月攻克通州，元惠宗于七月二十八日，仓惶北逃，徐达率军攻陷元朝的首都元大都（北京），元作为一个全国性质的统治结束。元惠宗北遁，朱元璋认为他顺天明命，给他上谥号为“顺帝”。[25][71]
元末农民战争示意图
元惠宗退至上都，隔年又至应昌。他继续使用“大元”国号，史称北元。当时北方除了元惠宗据有漠南漠北，关中还有元将扩廓帖木儿（王保保）驻守甘肃定西，此外元廷还领有东北地区与云南地区。朱元璋为了占领北方，采取兵分二路，各个击破的方式，此即第一次北伐。元惠宗战败后于1370年在应昌去世，元昭宗即位后北逃至漠北和林。明将冯胜夺取了甘肃地区。然而元将扩廓帖木儿仍然在漠北多次与明将徐达等人作战。明太祖曾多次写信招降，但扩廓帖木儿从不理会，被朱元璋称为“当世奇男子”。1378年四月，元昭宗去世，继位的元天元帝继续和明朝对抗，屡次侵犯明境。[72]
至于北元领有的东北地区与云南地区方面：1371年，元朝辽阳行省平章刘益降明，明朝占领辽宁南部。然而其余东北地区仍由元朝太尉纳哈出控制，纳哈出屯兵二十万于金山（今辽宁省昌图金山堡以北辽河南岸一带），与明军对峙了十几年，多次拒绝明朝的招抚。1387年冯胜、傅友德、蓝玉等人发动第五次北伐，目标是攻占纳哈出的金山。经过多次战争，1387年10月，纳哈出投降蓝玉，明朝占领东北地区。镇守云南的元朝梁王把匝剌瓦尔密，在元廷退回草原后仍然继续忠效之。1371年明太祖派汤和等人领兵平定据有四川的明玉珍，并且劝降梁王未果。1381年12月，明军攻入云南，1382年梁王逃离昆明并自杀，随后明军攻克大理，明军平定云南地区。[72]
朱元璋为了彻底扫除北元势力，于1388年5月命蓝玉率领明军十五万发动第六次北伐。明军横跨戈壁至捕鱼儿海（蒙古国贝尔湖）击溃元军，俘虏八万余人，元天元帝和他的长子天保奴逃走，但是幼子地保奴被明军擒住，至此北元国势大衰。1388年元天元帝及长子天保奴被阿里不哥后裔也速迭尔杀害，北元不再使用年号及大元国号。[68][73]
洪武三十一年（1399年），分布在叶尼塞河上游沿岸的吉尔吉斯部首领鬼力赤，否认爱猷识理达腊之子额勒伯克的宗主权，将其打败并杀死，取得了统治各部的霸权。额勒伯克之子坤帖木儿继位后也于建文四年（1402年）被鬼力赤杀死，明史称其改国号为蒙古，明人称为鞑靼，北元亡。[74][68][72][75]
元朝在丧失其优越条件之后被逐出了占领地，就连在忽必烈汗的领导之下所建造的大都亦无法守住，被逼回原本故乡所在之北方草原。从此以后，大蒙古帝国再也不曾复活。[21]
疆域
参见：元朝行政区划
范围
元朝的前身为大蒙古国，1206年成吉思汗铁木真建国时领有大漠南北与林木中地区（即尼布楚地区），经由历代蒙古诸汗的经营及三次西征后，疆域东起日本海、东海，西抵黑海、地中海地区，北跨西伯利亚，南临波斯湾，建立起横跨亚欧大陆的超级大国。成吉思汗时期分封东道诸王与西道诸王，东道诸王是铁木真之弟，大多分封于塞北东部与东北地区，从属性较强；西道诸王则是铁木真之子，其中分封长子术赤于咸海、里海、巴尔喀什湖以北的钦察草原，后由拔都建立钦察汗国；封次子察合台于锡尔河以北的西辽旧地，史称察合台汗国；三子窝阔台分封于乃蛮旧地，后由海都建立窝阔台汗国；塞北、汉地、东北、青藏及新疆东部则由幼子拖雷获得，后由元朝直辖。[76]
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