小龙女继续说道长期分裂局面造成的影响，使秦始皇非常关心六国旧地的动静，担心六国旧贵族图谋复辟。为了防止割据的再现，秦始皇把六国富豪和强宗十二万户迁到咸阳，另一部分迁到巴蜀、南阳、三川和赵地，使他们脱离乡土，以便监视。[29]他把缴获的和没收的武器加以销毁，在咸阳铸成十二个各重千石的铜人。[30]又下令“堕坏城郭，决通川防，夷去险阻”，尽可能消灭封建贵族依以割据的手段。
骊山陵
为了控制广阔的国土，特别是六国旧境，秦始皇还修建由首都咸阳通到全国各地的驰道，[31]东穷燕齐，南极吴楚。他自己多次顺着驰道巡游郡县，在很多地方刻石纪功，以示威强。[32]为了加强北方的防务，秦始皇三十五年（公元前212年），又修筑由咸阳经过云阳（今陕西淳化西北），直达九原（今内蒙古包头西）的直道，堑山堙谷千八百里。在西南地区，还修筑了今四川宜宾以南至云南昭通的五尺道，于近旁设官进行统治。[33]
秦统一以后的十几年中，秦始皇维持了一支庞大的军队，建立了一个庞大的官僚机构，进行了多次的大规模战争，完成了巨大的国防建设和土木建筑。[34]据估计，当时全国的人口约为一千多万，而当兵服役的人超过二百万，占壮年男子三分之一以上。秦始皇采取赵陀等人的意见迁移关中50万秦人至岭南与当地人民族融合，但导致关中空虚，大大动摇了秦的统治基础。
秦二世时期，农民生活悲惨，穿牛马之衣，吃犬彘之食，往往在暴吏酷刑的逼迫下逃亡山林，举行暴动。这种种情况说明，急政暴虐激化了社会矛盾，秦始皇在完成统一事业的同时，也造成了秦王朝倾覆的条件。所以西汉时的贾山谈到秦代“群盗满山”的情况时说：秦始皇在世时，他的统治已经在崩溃，但是由于皇帝以及开国大臣在镇压，没有人敢于和政府对抗。
公元前209年秦二世胡亥即位。他进一步加重对农民的剥削和压迫，以“税民深者为明吏”，以“杀人众者为忠臣”。[35]他令农民增交菽粟刍藁，自备粮食，转输至咸阳，供官吏、军队以至于狗马禽兽的需要。他继续修建阿房宫，继续发民远戍。徭役征发的对象进一步扩大，农民的困苦达于极点，大规模的农民起义已经到一触即发的地步。[36]在农民酝酿反秦的时候，潜伏着的六国旧贵族残余势力也在俟机进行分裂活动。秦始皇三十六年（前211年），东郡出现“始皇帝死而地分”的刻辞，就是这种分裂活动的征兆。[37]
秦二世
秦二世元年（公元前209年）七月，一队开赴渔阳（今北京密云）的闾左戍卒九百人，遇雨停留在大泽乡（今安徽宿县境），不能如期赶到渔阳戍地。秦法规定“失期当斩”，戍卒们面临着死刑的威胁。但根据出土1975年的《睡虎地秦简》，“失期”仅为城旦的处罚，所以此处存在异议。于是，在陈胜、吴广的领导下，在大泽乡举起了中国历史上第一次大规模农民起义的旗帜。陈胜，吴广他们杀押送他们的秦尉，[38]率领戍卒，用已被赐死的秦公子扶苏和已故楚将项燕的名义，号召农民反秦。[39]附近农民斩木揭竿纷纷参加起义。起义军分兵东进，主力则向西进攻，连下今豫东、皖北的铚、酂、苦、柘、谯（分别在今安徽宿县，永城、鹿邑、柘城，安徽亳县境）诸县。当他们推进到陈（今淮阳）的时候，已是一支数万人的声势浩大的队伍了。[40]
在起义军的影响下，许多郡县的农民杀掉守令，响应陈胜；特别是在旧楚国境中，数千人为聚者到处可见。一些潜藏民间的六国旧贵族、游士、儒生，也都乘机来归，凭借旧日的地位，在农民军中发挥影响。游士张耳、陈馀甚至劝陈胜派人“立六国后”，被陈胜断然拒绝。陈胜自立为“张楚王”，[41]分兵三路攻秦：吴广为“假王”，西击荥阳；武臣北进赵地；魏人周巿攻魏地。吴广军在荥阳被阻，陈胜加派周文西击秦。周文军很快发展到车千乘，卒数十万人，进抵关中的戏（今陕西临潼境），逼近咸阳。[42]秦二世慌忙发修骊山陵墓的刑徒为兵，以少府章邯率兵应战，打败周文军。[43]周巿在魏地立旧魏贵族魏咎为魏王，自为魏丞相，并派人到陈胜那里迎接魏咎。旧贵族的势力很活跃，涣散了农民起义队伍。陈胜缺乏经验，决心不够，眼看着分裂局面的形成。陈胜周围也出现了不团结的现象。
陈胜、吴广起义
秦将章邯军连败周文，周文自杀。[44]章邯又东逼荥阳，吴广部将田臧杀吴广，迎击章邯，一战败死。[45]章邯进到陈，陈胜败退到下城父（今安徽涡阳东南），被叛徒庄贾杀死，陈县失守。[46]陈胜部将吕臣率领一支“苍头军”英勇接战，收复陈县，处决了庄贾。陈胜作为反秦的先驱者，领导起义只有半年就失败了，但是反秦的浪潮却被他激起，继续不断地冲击秦的统治。
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