哈利因为童年失去父母成为了孤儿。为了保护哈利，邓布利多教授使其成年前住在德思礼夫妇家，哈利受到了他们刻薄的对待，只能住在一个储物间里。因为常年遭受虐待而身材瘦小，后来个子长得很快。
哈利一出生就被霍格沃茨魔法学校定为该校的学生，德思礼家的人知道此事却一直不告诉哈利，并百般阻止他知晓此事，直到11岁生日时哈利才知道这件事，并从海格手中收到霍格沃茨魔法学校校长阿不思·邓布利多寄来的入学信，被邀请到霍格沃茨魔法学校学习。同时，在霍格沃茨校车上认识罗恩·韦斯莱。许多成为魔法师的课程正在等着他研习，有飞行课、黑魔法防御术、魔药学与变形术等等，当然还有让所有巫师疯狂的魁地奇球赛。
在一次与同学的争执中，哈利表现出超乎所有人想象的飞行技能，连他自己都很意外，米勒娃·麦格教授因此推荐他加入格兰芬多魁地奇球赛的队员；另一方面，魔药学的教授西弗勒斯·斯内普，似乎总是对哈利不怎么友善，除了在课堂上刁难他外，还处处找哈利的麻烦，但是，哈利在一次偶然的机会里，发现斯内普严词威胁着懦弱的奇洛教授，甚至斯内普脚上三头犬的咬痕，更可以证明哈利的推断是正确的：有股邪恶的阴谋在平静的霍格沃兹里悄悄地滋长着，斯内普似乎就是这一切的关键人物。于是哈利、罗恩与赫敏这三个好朋友决定一同去探个究竟，阻止邪恶阴谋的发生。
最终证明邪恶的阴谋是奇洛教授在进行的，和斯内普完全没关系，但哈利等人还是很讨厌斯内普，就如同对方讨厌他们一样。
另一边，罗恩·韦斯莱。来自古老的韦斯莱家族，虽然是纯血巫师，但却不吃斯莱特林那一套，而是和一帮混血玩的很开心。他有一头火红色的短发，作为新生的罗恩只能接收比尔的旧长袍，查理的旧魔杖，珀西的老鼠。爱玩巫师棋的罗恩在魔法石的倒数第二个考验中通过牺牲自己证明了自己棋术高超，使得哈利通过了守护魔法石的巨大巫师棋盘。
赫敏和这两人成为了要好的朋友，一切似乎都很正常，但是她总觉得缺少什么，她一直在寻找这个自己感觉怪异的地方，但怎么找都找不到，一年的时间下来，她基本上已经放弃自己的想法了。
然后是第二年。
暑假中，卢修斯·马尔福的家养小精灵多比警告哈利波特说若哈利回学校上课那么会处于非常危险的境地，不过哈利没有理睬这个警告，并努力恳请多比不要使用魔法。德思礼一家把哈利当作罪犯，把他锁起，直到韦斯莱一家用飞天汽车把他解救出来。哈利和他的好朋友罗恩·韦斯莱度过了一个愉快的暑假。返校的日子到了，韦斯莱一家来到车站，但是哈利和罗恩无论如何都无法进入停靠着霍格沃茨特快火车的九又四分之三站台，无奈之下，他们只好驾驶飞天汽车去学校。不过，他们在学校着陆时坠毁，人员没有伤亡，汽车却报废了，罗恩的魔杖也被折断，损坏了。
有三个人引起了哈利的注意：新的喜欢虚荣的黑魔法防御术老师吉德罗·洛哈特、喜欢摄影的科林·克里维、一直仰慕哈利的的可爱女孩——罗恩的妹妹金妮·韦斯莱。
但是，当密室打开之后，学校里面变得一团糟，袭击事件接连发生，有些学生竟被变成了石头，凶手是谁一直无法查出。相传，学校创办人之一萨拉查·斯莱特林曾经在学校里面建造了一个隐藏的密室，只有他或者斯莱特林的继承人才知道如何并可以进入，这个密室是为了清除学校中血统不纯的学生而建造的。一时间，人们纷纷认为哈利波特是斯莱特林继承人，是凶手，尤其是哈利是一个蛇佬腔之后，大家更是这么认为。而整个故事的主线就是，哈利、罗恩、赫敏三个人寻找密室的入口和真正的斯莱特林人。
袭击事件接连发生，包括赫敏在内的有一些学生被石化，送往医院。
一天，金妮被抓进了密室——学校里面的一段墙上留下了“她的尸骨将永远留在密室”字样，危急的时刻到了。
在罗恩的帮助下，哈利终于发现了密室的入口，并且成功进入了密室，而他发现，打开密室造成袭击的人是金妮，不过金妮是被控制了而做出这种事情的，是伏地魔控制了她。
汤姆·里德尔存在日记中的灵魂由于偷去了金妮的生命而强大起来，他放出了蛇怪对抗哈利，千钧一发之时，阿不思·邓布利多的凤凰福克斯为哈利送来了戈德里克·格兰芬多的剑，福克斯啄瞎了蛇怪，使它无法石化哈利，哈利用剑杀死了蛇怪。汤姆·里德尔败阵下来，金妮恢复了生命，魂器HP6-日记被哈里毁掉。这本日记是卢修斯·马尔福在开学之前偷偷藏在金妮的书袋中的，但是哈利不掌握能证明这一点的证据，不能指控卢修斯·马尔福，哈利把一只旧袜夹在残破的日记中交给卢修斯·马尔福，卢修斯非常生气，顺手把装有日记连同其中的旧袜子抛给了他的家养小精灵多比，按照传统惯例，主人把衣物送给家养小精灵代表给予它们自由，因为袜子好歹也算做衣物，所以多比就自由了，它非常感激哈利。
吉德罗·洛哈特其实只会吹嘘、没有真正本领这一点被哈利和罗恩发现，当吉德罗想要加害于他们时却因为误使了罗恩的损坏了的、会回火的魔杖而令自己失忆，后来一直生活在医院中。显然，他不能继续担任黑魔法防御术老师。
学期快结束了，斯普劳特教授培育的曼德拉草成熟了，救活了所有被石化的同学，海格也被释放了。哈利在霍格沃茨的第二年在惊险中度过了。
可以说，整个二年级，也是有惊无险的过去了。
但，赫敏终于知道哪里不对劲了，她在被石化的那一瞬间，大脑中似乎被人打开了一扇门，很多莫名其妙的东西涌入了她的大脑，她终于知道……自己已经经历过这一切了，是的，就在曾经，自己经历过现在经历的一切，和现如今……几乎没有什么变化，要说最大的变化在哪里……则是她的身边，少了一个至关重要的人！
曹岩！
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