虽有正邪两面，玉中的曲灵与直灵仍在互相打斗。其中曲灵曾利用奈落的身体现身与杀生丸及犬夜叉等人搏斗，更因惧怕日暮的灵力而将其封印。但最后仍不敌杀生丸的天生牙，被杀生丸消灭。
几百年来，四魂之玉在妖怪与人们的手中传来传去，相传此玉可以赋予妖怪强大的能力，也能灭魔。后传到一位驱魔师村落的族长手中，为防止四魂之玉落在妖怪手里，就将玉交由一位灵力高强的巫女——桔梗守护。过去不少妖怪都想抢夺这玉，但都被桔梗消灭。后来桔梗结识了同样前来夺玉的半妖犬夜叉，在深入的了解后，知道他并非邪恶，犬夜叉也在桔梗的感化下而想成为人类。于是二人约好桔梗净化四魂之玉，犬夜叉使用它化妖为人。但是由于桔梗救了鬼蜘蛛，导致邪恶的半妖奈落诞生了。他化身成犬夜叉的样子和桔梗的样子，在两人约定好的时间去攻击他们，想借他们因误会而产生仇恨，令玉受到污染，夺为己用。桔梗在奈落的偷袭下身受重伤，封印了因感到受骗而企图夺玉的犬夜叉，最终带著玉火化而死。
随着四魂之玉的消失，奈落也不知所踪。
一切在那时本该已全部结束了。但是，50年后，巫女转世，体内蕴藏着四魂之玉的少女日暮戈薇在东京出生。在15岁生日那天，戈薇被企图夺玉的妖怪百足上拉进了神社的古井---食骨之井，并意外的由现代回到了战国时代。戈薇为了逃避百足上的追杀而进入犬夜叉之森，并将犬夜叉的封印解除。犬夜叉杀死百足上，却又因过去与桔梗的过节而也想要夺取戈薇手中的四魂之玉，成为完全的妖怪，幸被枫婆婆及时抛出的言灵念珠制服。后也明白了戈薇就是戈薇，任何人都不能替代她。
重现于世，大大小小的邪魔恶鬼闻风而来，纷纷前来夺取四魂之玉。在争夺四魂之玉的混战中，四魂之玉被戈薇在无意中打碎，变成千上万的四魂之玉碎片，分散到了战国各处。无奈，两人只得开始寻玉之旅，而蛰伏已久的奈落也藏匿在某个晦暗不明的角落蠢蠢欲动了。
四魂之玉对别人来说或许是强大的宝物，但对吴启哲来说却不外如是，因为他的强大早已超越神明，无限宝石的强大，每一颗都代表一种力量和法则的极致，所以区区的四魂之玉，对他的吸引力真的不大！
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